上海市普陀区人民政府办公室、上海市普陀区人民政府机关事务管理局设13个内设机构，即：

(一)秘书科(联络科)

(二)组织人事科

(三)督查科

(四)综合科

(五)调研科

(六)政务公开科

(七)法律事务科

(八)外事科

(九)对口支援科

(十)区域合作科

(十一)行政管理科

(十二)办公用房管理科

(十三)财务管理科