上海市普陀区区域协同发展办公室内设3个科室：

1、综合管理科

负责办内日常运转和综合协调工作、承担基层党建、公文处理、组织人事、财务资产、纪检监察、机要保密、宣传、信息管理、政务公开、依法行政、档案管理、统战、提案和意见办理、后勤管理等工作。

2、协调推进科

负责与长三角区域合作办公室及沿沪宁城市等的日常联系对接工作。组织开展跨区域重大合作事项的专题对接、调研考察、信息统筹等，负责重点区域有关重点任务、重点项目的进度跟踪和协调推进。

3、产业创新科

负责区域协同创新战略研究，统筹推进跨区域的科技创新合作、人才交流、成果转化、产业布局、园区共建等工作。协同编制相关发展规划、产业图谱等，推动重点地区发展战略、功能布局、产业方向、重要政策的安排和落实。负责指导沿沪宁协同创新中心平台建设，牵头落实跨区域产业项目合作、产业要素对接活动、一体化公共服务体系建设等。